Федеральное государственное учреждение "Агентство "Лён" создано 30 ноября 2001 года.
В рамках административной реформы в 2011 году преобразовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Агентство «Лён».
Меры государственной поддержки отрасли льноводства в 2019 -2020 годах