Федеральное государственное учреждение "Агентство "Лён" создано 30 ноября 2001 года.
В рамках административной реформы в 2011 году преобразовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Агентство «Лён».
Протокол совещания в режиме видеоконференции в Представительстве Постоянного Комитета Союзного Государства от 21 августа 2017 г